Nos anos 1974/75, a convite de D. Elizeu Simões Mendes (primeiro Bispo da Diocese de Campo Mourão), os Padres Missionários Xaverianos vieram para a Diocese de Campo Mourão com o fim de colaborar com o Bispo que desejava muito abrir (fazer funcionar) o Seminário. O mesmo Bispo colocou sobre o Patrocínio de São José. Anos atrás tinha-se construído os dois pavilhões, existente até hoje, porém não funcionavam porque a Diocese não tinha padres que se responsabilizassem da formação dos futuros seminaristas. Até esse tempo, o Bispo enviava os seminaristas da Diocese para o seminário de Ponta Grossa.
Através de um convênio entre a Diocese de Campo Mourão e Congregação Xaveriana se deu inicio ao funcionamento do Seminário São José, que no primeiro momento se deu num prédio do Centro de formação Lar Paraná, pois o prédio do seminário tinha sido alugado a uma empresa construtora do asfalto da BR Campo – Cascavel, e o local necessitava de uma adequação para receber os seminaristas. Neste primeiro momento o seminário recebia estudantes xaverianos e diocesanos. Estas informações estão registradas no arquivo diocesano.
Dom Elizeu trouxe os seus seminaristas de Ponta Grosa para o Seminário São José em Campo Mourão. Deste primeiro período do Seminário chegaram a ser ordenados quatro sacerdotes e são: Pe. Pedro Liss; Pe. Francisco Prim; Pe. Geovane Saraiva e Pe. Manoel da Silva e que até hoje exercem o ministério presbiteral em diferentes regiões do Brasil, mas todos eles eram seminaristas diocesanos de Campo Mourão, cursando o segundo grau no Colégio Supletivo (hoje Integrado). Com a saída de D. Elizeu e dos Padres xaverianos no final de dezembro de 1980, o Seminário ficou fechado por um ano, ou seja, até 1981/82. Com a chegada de Dom Virgilio de Pauli, como segundo Bispo da diocese de Campo Mourão, muito preocupado pela formação dos futuros padres, reabriu o Seminário que até hoje continua de forma ininterrupta.